Index

A

acqDuration_s (in module slap2_utils.subclasses.metadata) acqDurationCycles (in module slap2_utils.subclasses.metadata) AcquisitionContainer (in module slap2_utils.subclasses.metadata) AcquisitionContainer() (in module slap2_utils.subclasses.acquisitionContainer)

acquisitionPathIdx (in module slap2_utils.subclasses.metadata) acquisitionPathName (in module slap2_utils.subclasses.metadata) AcquisitionPlan (in module slap2_utils.subclasses.acquisitionContainer) aomActive (in module slap2_utils.subclasses.metadata) aomVoltage (in module slap2_utils.subclasses.metadata)

B

byteOffsets (in module slap2_utils.utils.trace_pixel)

bytesPerCycle (in module slap2_utils.utils.trace_pixel)

C

channelsSave (in module slap2_utils.subclasses.metadata) chIdx (in module slap2_utils.utils.trace)

cleanVolumeTrace() (in module slap2_utils.functions.tracefunctions) constructor (in module slap2_utils.subclasses.acquisitionContainer) (in module slap2_utils.subclasses.slapROI)

D

data (in module slap2_utils.utils.trace_pixel) dataFile (in module slap2_utils.utils.trace) DataFile() (in module slap2_utils.datafile)

datFileName (in module slap2_utils.datafile) DmdPatternSequence (in module slap2_utils.subclasses.acquisitionContainer) dmdPixelsPerColumn (in module slap2_utils.subclasses.metadata) dmdPixelsPerRow (in module slap2_utils.subclasses.metadata)

E

enableStack (in module slap2_utils.subclasses.metadata)

F

fastZs (in module slap2_utils.datafile) filename (in module slap2_utils.datafile)

fileName (in module slap2_utils.utils.trace_pixel) firstCycleOffsetBytes (in module slap2_utils.utils.trace_pixel)

H

header (in module slap2_utils.datafile)

I

imageMode (in module slap2_utils.subclasses.slapROI)

isLoaded (in module slap2_utils.utils.trace_pixel)

L

lineDataNumElements (in module slap2_utils.datafile) lineDataStartIdxs (in module slap2_utils.datafile) lineHeaderIdxs (in module slap2_utils.datafile) lineIdxs (in module slap2_utils.utils.trace_pixel) lineNumSuperPixels (in module slap2_utils.datafile)

linePeriod_s (in module slap2_utils.subclasses.metadata) linesPerCycle (in module slap2_utils.utils.trace_pixel) lineSuperPixelIDs (in module slap2_utils.datafile) lineSuperPixelZIdxs (in module slap2_utils.datafile) load_file_header_v2() (in module slap2_utils.utils.file_header)

M

MAGIC_NUMBER (in module slap2_utils.datafile) metaData (in module slap2_utils.datafile) MetaData() (in module slap2_utils.subclasses.metadata) metadatafile (in module slap2_utils.subclasses.metadata) metaDataFileName (in module slap2_utils.datafile)

module slap2_utils.functions.stim slap2_utils.functions.tracefunctions slap2_utils.utils.plots.slap2Plots slap2_utils.utils.roi_utils

N

numCycles (in module slap2_utils.datafile) (in module slap2_utils.utils.trace_pixel)

P

ParsePlan (in module slap2_utils.subclasses.acquisitionContainer)

pixelIdxs (in module slap2_utils.utils.trace) plotPixTrace() (in module slap2_utils.utils.plots.slap2Plots)

R

rawData (in module slap2_utils.datafile) remoteFocusPosition_um (in module slap2_utils.subclasses.metadata) returnAllTrace() (in module slap2_utils.functions.tracefunctions) returnStimTime() (in module slap2_utils.functions.stim) returnVolumeTrace() (in module slap2_utils.functions.tracefunctions) roiBoolean() (in module slap2_utils.utils.roi_utils)

roiImg() (in module slap2_utils.utils.roi_utils) roiLabels() (in module slap2_utils.utils.roi_utils) roiOverlay() (in module slap2_utils.utils.plots.slap2Plots) roiOverlaySuperPix() (in module slap2_utils.utils.plots.slap2Plots) ROIs (in module slap2_utils.subclasses.acquisitionContainer) roiType (in module slap2_utils.subclasses.slapROI)

S

samplesPerLine (in module slap2_utils.subclasses.metadata) ScannerParameters (in module slap2_utils.subclasses.acquisitionContainer) shapeData (in module slap2_utils.subclasses.slapROI) slap2_utils.functions.stim module slap2_utils.functions.tracefunctions module slap2_utils.utils.plots.slap2Plots module

slap2_utils.utils.roi_utils module slapROI() (in module slap2_utils.subclasses.slapROI) StreamId (in module slap2_utils.datafile) superPixelId (in module slap2_utils.utils.trace_pixel) superPixelNumPixels (in module slap2_utils.utils.trace_pixel) superPixelNumPixelsSelected (in module slap2_utils.utils.trace_pixel) superPixelTraces() (in module slap2_utils.functions.tracefunctions)

T

targetRate (in module slap2_utils.subclasses.slapROI) Trace() (in module slap2_utils.utils.trace) TracePixel() (in module slap2_utils.utils.trace_pixel)

TracePixels (in module slap2_utils.utils.trace) translate_channel_mask() (in module slap2_utils.utils.file_header) translate_field_value_pairs() (in module slap2_utils.utils.file_header) translate_reference_timestamp() (in module slap2_utils.utils.file_header)

Y

y (in module slap2_utils.utils.trace_pixel)

Z

z (in module slap2_utils.subclasses.slapROI)

zIdx (in module slap2_utils.utils.trace) zPixelReplacementMaps (in module slap2_utils.datafile)